Zbiory Książnicy Kopernikańskiej to uniwersalny księgozbiór naukowy o charakterze przede wszystkim humanistyczno-społecznym, którego istotną cechą jest powiązanie z Pomorzem. Zbiory druków po 1800 roku, poza zbiorami specjalnymi w Bibliotece Głównej, liczą ok. 778 000 woluminów, w tym 101 000 wydawnictw ciągłych i czasopism.
Do najcenniejszych należą kolekcje czasopism polskich z XIX wieku, w tym niemal kompletny zbiór numerów „Gazety Toruńskiej”. Cenna jest również kolekcja druków z toruńskiej oficyny Józefa i Sylwestra Buszczyńskich, wydających oprócz „Gazety Toruńskiej” i „Gospodarza. Pisma rolniczego” m.in. elementarze, kalendarze, pisma poety kaszubskiego Hieronima Derdowskiego, poezje Teofila Lenartowicza czy Gustawa Zielińskiego. Wśród dziewiętnastowiecznych i dwudziestowiecznych druków regionalnych cenne są również wydawane w języku polskim i niemieckim druki z toruńskiej oficyny Ernesta Lambecka, wydającego „Thorner Zeitung”, druki o Koperniku czy podręczniki do nauki języka polskiego. W Książnicy zachowały się też druki wydawane przez Juliana Prejsa czy grudziądzkie druki z oficyny Wiktora Kulerskiego, w tym „Gazeta Grudziądzka”.
Bezcenny i rzadki jest zgromadzony w Książnicy komplet ksiąg adresowych miasta Torunia z XIX i XX wieku, czy liczne kopernikana z tego samego okresu. Są w zasobach biblioteki druki emigracyjne ofiarowane Towarzystwu Naukowemu przez uczestnika powstania listopadowego Józefa Feliksa Zielińskiego (Izet-Beya) ze Skępego, wśród nich wiele pierwszych wydań polskiej poezji romantycznej.
W bibliotece znajduje się też duży zbiór sprawozdań męskich i żeńskich szkół średnich i wyższych z XIX i początku XX wieku. Pochodzą one z placówek edukacyjnych na terenie ówczesnych Niemiec oraz Austro-Węgier. Do Książnicy programy szkolne trafiły z bibliotek toruńskich szkół średnich. Dokonywano w nich podsumowania minionego roku działalności szkoły, przedstawiano wszystkie ważne w życiu placówki wydarzenia oraz dane statystyczne. W większości programów do zestawień szkolnych dołączano teksty naukowe, popularnonaukowe i sprawozdawcze autorstwa nauczycieli.
Osobną kolekcją jest liczący ponad 1000 pozycji historyczny księgozbiór długoletniego prezesa Towarzystwa Naukowego w Toruniu ks. Stanisława Kujota, który zawiera m.in. komplet Historii Polski Jana Długosza, prace historyczne Karola Szajnochy,Józefa Szujskiego, literaturę pomorzoznawczą.
Do unikatowych należy zaliczyć ciekawy zbiór pierwodruków dzieł Adama Mickiewicza: Poezye, t. 2 (Wilno 1823), Sonety. Z nótami kompozycyi Karola Lipińskiego(Lwów 1827), Konrad Wallenrod. Powieść historyczna z dziejów litewskich i pruskich(Petersburg 1828), a także wydana przez Ernesta Lambecka pierwsza samoistna na ziemiach polskich edycja Pana Tadeusza (Toruń 1878).
W okresie międzywojennym pozyskano księgozbiór zasłużonego drukarza, wydawcy i bibliofila z Chełmna Walentego Fiałka. Obecnie stanowi on wydzieloną kolekcję liczącą 3 888 pozycji, na która składają się rzadkie druki ludowe toruńskie, chełmińskie, gdańskie i kaszubskie.
Dla badaczy okresu międzywojennego najcenniejsze są zasoby prasy i czasopism ogólnopolskich i pomorskich: „Gazety Grudziądzkiej”, „Pielgrzyma” „Słowa Pomorskiego”, a także „Głosu Robotnika” i „Gazety Pomorskiej”.
W 1992 r. przejęto część spuścizny artysty typografa Stanisława Gliwy. W tej kolekcji znalazły się unikatowe polonika, w sumie 481 woluminów wydawnictw publikowanych przez polską emigrację głównie w Anglii.
Obecna oferta Książnicy Kopernikańskiej i jej filii jest bardzo szeroka i nastawiona na spełnianie bieżących oczekiwań czytelników. Składa się na nią literatura naukowa i popularnonaukowa, podręczniki akademickie, encyklopedie i słowniki z wielu dziedzin wiedzy, materiały dotyczące Pomorza i województwa kujawsko-pomorskiego, literatura piękna polska i obca dla dorosłych, dzieci i młodzieży oraz wybrane tytuły prasowe. Rośnie liczba materiałów, które zapisane są na nośnikach cyfrowych. Wybrane pozycje ze zbiorów Książnicy Kopernikańskiej są dostępne w Kujawsko-Pomorskiej Bibliotece Cyfrowej.
Źródło: [Tomkowiak, K., & Pluta, L.]. (2008). Zbiory po 1800 roku. W L. Pluta, T. Szymorowska, & K. Wyszomirska (Red.), Informator o zbiorach i działalności Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej Książnicy Kopernikańskiej w Toruniu (s. 40-41). Wojewódzka Biblioteka Publiczna – Książnica Kopernikańskiej w Toruniu.