Od połowy września 1939 roku Książnicę Miejską im. Kopernika przeszła pod zarząd niemiecki i władze okupacyjne przekształciły ją w Stadtbücherei (Bibliotekę Miejską). Tymczasowym zarządcą Biblioteki Miejskiej został Wilhelm Kerber i to jemu powierzono zadanie przygotowania biblioteki do otwarcia. Miał on m.in. usunąć z księgozbioru tzw. literaturę niepożądaną, tj. niewłaściwą z punktu widzenia narodowego socjalizmu.

Biblioteka została uruchomiona w lutym 1940 roku, a jej dyrektorem mianowano Ottona Freymutha, przybyłego do Torunia z Dorpatu (obecnie Tartu w Estonii). Odtąd Biblioteka Miejska miała pełnić funkcję biblioteki naukowej, gromadzącej głównie piśmiennictwo dotyczące obszaru dawnej prowincji pruskiej. Z ogólnie dostępnego zasobu usunięto książki i czasopisma polskie, które złożono w piwnicach gmachu przy ul. Wysokiej, ale wbrew zaleceniom niemieckich władz okupacyjnych dyrektor Freymuth nie wydał polecenia, aby je zniszczyć.

W 1944 roku Niemcy rozpoczęli przygotowania do ewakuacji najcenniejszych archiwaliów i muzealiów toruńskich, w tym także zasobów Biblioteki Miejskiej. Do Marburga wyekspediowano 36 skrzyń najwartościowszych obiektów ze zbiorów Książnicy. Szczęśliwym zrządzeniem losu polskie zbiory Książnicy przetrwały bez znaczących strat okres II wojny światowej, a kolekcje zabytkowe powróciły w 1947 roku na swoje dawne miejsce.

Źródło: [Tomkowiak, K.]. (2008). Okres okupacji. W L. Pluta, T. Szymorowska, & K. Wyszomirska (Red.), Informator o zbiorach i działalności Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej Książnicy Kopernikańskiej w Toruniu (s. 7). Wojewódzka Biblioteka Publiczna – Książnica Kopernikańskiej w Toruniu.